Sus aplicaciones fundamentales son el estudio de sangramientos del intestino delgado no diagnosticables por los métodos endoscópicos convencionales, la evaluación de pacientes con anemia debida a pérdida de sangre oculta (no evidenciable en la inspección de las evacuaciones), así como la investigación de tumores de este segmento y de ciertas diarreas crónicas cuya causa no ha sido posible determinar por métodos convencionales.

Una de sus ventajas fundamentales es el carácter no invasivo del método, bien tolerado por el paciente, con un alto índice de sensibilidad y de especificidad para el diagnóstico de enfermedades del aparato digestivo, y prácticamente exento de complicaciones. Actualmente sólo se utiliza para el estudio del intestino delgado, pero hay estudios recientes con otras cápsulas similares para el examen del esófago y del colon, cuyas aplicaciones clínicas están en evaluación.